Komandan Guskamla Koarmada I Laksma TNI Yayan Sofiyan, S.T., M.M. dalam keterangan perssnya mengatakan bahwa “Kecurigaan timbul dari dokumen yang ada diindikasikan palsu, tidak ditemukannya dokumen keimigrasian ke Thailand serta jumlah bahan bakar yang tidak memungkinkan untuk berlayar ke Thailand. Setelah diambil keterangan lebih detail, Nakhoda menyampaikan bahwa sebenarnya kapal akan berlayar menuju Tanjung Berakit untuk memindahkan rokok tersebut ke kapal penampung lainnya”.
Dugaan pelanggaran atau kesalahan KM Karya Sampurna ini antara lain; kompetensi nakhoda dan KKM tidak sesuai Safe Manning, hal ini melanggar Undang-Undang Pelayaran pasal 135 Jo. 310 ancaman pidana kurungan paling lama 2 tahun dan denda paling banyak Rp 300.000.000,00 (tiga ratus juta rupiah) masing-masing.
Selain itu, Kapal ini tidak memiliki dokumen Pemberitahuan Import Barang (PIB), barang muatan berupa rokok tanpa cukai, diduga barang ilegal melanggar Pasal 25 ayat (1) Jo. Pasal 52 UU No.11 Tahun 1995 tentang Cukai diancam pidana penjara maksimal 4 tahun dan denda maksimal 10 kali nilai cukai yang harus dibayar (nilainya sebesar 1674 karton). Perkiraan nilai barang yang akan diselundupkan 1673 Bal x Rp. 3.000.000,-/bal sebanyak Rp. 5.019.000.000,-(lima milyar sembilan belas juta rupiah).